水功能区，是指将水域按其主导功能划定并确定相应质量标准的特定区域，包括水功能区名称、范围、现状水质、功能及保护目标等。水功能区划是水资源保护工作的重要组成部分，是加强水资源保护和水污染防治的基本前提。这次全省水功能区划河流共146条，涉及黄河、长江两大流域12个水系，区划总河长14390公里，流域覆盖面积占到全省总面积的90％以上，基本符合水利部水功能区划范围的要求。全省共划定一级功能区267段，其中保护区88段，保留区68段，开发利用区85段，缓冲区26段；二级功能区283段，其中饮用水源区39段，工业用水区63段，农业用水区109段，渔业用水区10段，景观娱乐用水区11段，过渡区14段，排污控制区37段。在划分功能区的同时，确定了各水域主导功能及功能顺序，提出了各功能河段的水质目标。