据介绍，自２００２年起，南水北调沿线区域内生活污水污染物排放量所占比重已超过工业污染，成为第一大污染源。为规范污水处理厂的正常运行，《条例》要求污水处理厂不得超标排放污水，因设施改造或者技术检修等原因确需停止运行的，必须启动应急预案，并向当地建设和环境保护行政主管部门报告。对超标排放的污水处理厂，《条例》规定罚款５万元以上１０万元以下。
《条例》还突破性地引入了生态补偿机制。为保证调水水质，南水北调工程沿线区域实行了较其他地区更高的水污染物综合排放标准，沿线区域政府承担了更重的治污任务，治理成本加大；同时，沿线区域的相关企业、湖区渔民和农民承担了更为严格的水污染防治责任，其经济利益受到了不同程度的影响。《条例》在考虑沿线区域对南水北调工程水污染防治的实际付出和有益贡献基础上，并从兼顾公平的原则出发，规定了山东省人民政府应当建立沿线区域水污染防治生态补偿机制。
