根据《总体规划》确定的投资规模和资金结构，东线、中线一期主体工程总投资１２４０亿元，其中中央预算内资金及国债２４８亿元，南水北调工程基金筹措４３４亿元，利用银行贷款５５８亿元。

　　张基尧在第十届全国人民代表大会常务委员会第六次会议上作《关于南水北调工程建设情况及下一步安排的报告》时说，考虑到工程还本付息的能力等因素，国务院已明确适当提高中央资金投入的比例，相应减少银行贷款。同时研究开辟其他筹资渠道的可能性。
　
　　他说，东线、中线一期工程总投资１２４０亿元，最高年（２００５、２００６年）投资额为２４８亿元，投资强度非常大，落实建设资金是工程顺利实施的关键。一是尽快确定中央投资比例，加大中央财政投资力度，并抓紧出台南水北调工程基金方案，力争明年二季度开始实施；二是妥善解决地方配套工程建设资金。

　　同时各地还要加大开放资本市场力度，确保配套工程与主体工程同步建设。在提高治污费的基础上，采取多种方式，多渠道引进资金。

　　他说，南水北调工程基金筹集和管理由中央统一制定政策，既要考虑建设资金的需要，也要充分考虑用水户承受能力，特别是低收入群体的承受能力。南水北调工程建成后继续征收基金，用于偿还部分贷款本息，以适当控制水价。

　　在规划阶段按照筹资方案中的资金结构和工程投资、运行成本测算，东线平均水价为０．２６元／立方米，中线平均水价为０．６２元／立方米，其中到北京口门水价为１．２０元／立方米。

　　在实施过程中，随着投资总量的变化及投资结构的调整，通水后的口门水价将会有所变化。考虑调水干线供水成本，地方配套工程及水厂、配水管网建设等各项因素后，初步估算用水户支付的实际水价约为３．２－４．８元／立方米。