今后，省市相关部门将规划和控制好草海沿岸、高海路、滇池东岸尚未开发利用的土地，建立滇池治理基金，向社会广泛筹集治理资金。滇池流域要严格禁止新上污染项目，已上项目要技改，并坚决关闭、淘汰一批不符合国家环保要求和产业政策的落后生产能力，对滇池流域的小作坊等“七小”行业实行严格市场准入，严管严处，严禁污水排入滇池。将有效整合流域执法监管力量，实行违法案件协查联动机制，坚决遏制点源污染和面源污染。
针对滇池流域农村面源污染较大的情况，将严格实行保护优先，依法划定饮用水水源地保护区，禁止在水源地搞任何开发建设，大力发展可承载的生态农业，切实保护好水源区的森林资源和恢复水源地生态环境，进一步强化对饮用水源地的监督管理。确保到2010年，主要集中式饮用水源地水质达标率达到97%。
