我国不仅是一个水资源严重不足的国家，也是水污染问题最为突出的国家之一，流域性复合污染和城市水环境污染严重制约了社会与经济的发展。水生态修复是改善水环境质量的主要手段，目前这一技术已受到国内外的广泛关注。河海大学今年先后在“苏州市水环境质量改善与综合示范”和“镇江市水环境改善与生态修复技术研究及示范”这两个国家“十五”重大科技专项的申报中均获成功，充分显示了学校在这一领域的实力。成立水生态研究所是为了进一步集聚力量，发挥优势，推动这一技术的发展。

　　随着人类对水资源、矿产资源的开发利用，在带来经济和社会效益的同时也带来了危害。开发建设诱发的灾害和自然灾害大多与地下水的活动有密切的关系，因此对地下水科学与工程方面的研究已成为国内外科学界和工程界的热点。河海大学在该领域的研究有水文学及水资源、岩土工程、水工结构工程三个国家重点学科的支撑，有多学科组合的科研基础和高水平的学术队伍。地下水科学与工程研究所的目标是三年内使研究水平达到国内领先，五年内成为该领域在国际上有较大影响的研究机构。(水利部）