《办法》进一步界定了排污费的征收范围。向水体、大气排放污染物的，按照排放污染物的种类、数量缴纳污水排污费和废气排污费；对无专用工业固体废物贮存或处置设施和专用贮存或处理设施不符合环境保护标准排放的工业固体废物，缴纳固体废物排污费；以填埋方式处置危险废物不符合国家或者省有关规定的，缴纳危险废物排污费；排放噪声超过国家或者省环境噪声排放标准，且干扰他人正常生活、工作和学习的，缴纳噪声超标准排污费。《办法》规定，对机动车、飞机、船舶等流动污染源暂不征收废气排污费和噪声超标排污费。排污者向城市污水集中处理设施排放达标污水并按照规定缴纳污水处理费的，不再缴纳污水排污费。
《办法》对排污量核定进行了规范，规定环境保护行政主管部门在核定排污量时，应按照自动监控仪器监测的数据、环境监测机构监督性监测的数据、环境监察机构委托监测的数据、物料衡算的数据的优先顺序，对排污者排放污染物的种类、数量进行核定。针对餐饮、娱乐等服务行业的小型排污者面广、量大、难以监测的特点，为提高征收效率，《办法》规定，环境保护行政主管部门可以根据实际情况，对餐饮、娱乐等服务行业的小型排污者采用抽样测算方法核定排污量。抽样测算核定排污量的方法由省环境保护行政主管部门制定，并向社会公布。
《办法》还适当调整了各级环保部门排污费的征收权限，进一步明确了排污费解缴各级国库的比例。负责征收排污费的环境保护行政主管部门应当征收而未征收或者少征收排污费的，由上级环境保护行政主管部门责令限期改正：逾期不改正的，上一级环境保护行政主管部门可以直接征收。
