今年７月以来，洱海出现伴随着球形鱼腥藻水华爆发的重富营养化状况，洱海水透明度由６月的１．６７米下降到０．８８ 米，洱海水总体质量已下降到ＩＶ或Ｖ类。与此同时，沉水植物分布下限由原来的１０米水深退缩到４米水深，深水区大面积死亡的沉水植物腐烂、分解，释放出营养盐造成洱海二次污染并处于恶性循环之中。洱海保护和治理面临非常严峻的形势。

近年来，大理州加大了招商引资力度，在洱海环湖地带引进了多家食品加工、生物制药和乳畜业养殖加工等外来投资企业。一些外来投资企业仰仗着可以享受各种优惠待遇的特殊身份，“先上马、后办证”的现象比较突出，有的是处理污水废料的环保设施不到位；有的是安装了环保设施也不开；有的甚至将排污口正对着洱海的入水口。洱海水质突变，使大理失去光彩。

日前，大理正在实施洱海生态建设、洱海截污治污、洱海流域农村面源污染治理、入湖主要河道治理、洱海流域面山绿化和水土保持、洱海环境管理等６大洱海治理工程，力争在２００６年建成较为完善的治理保护体系，确保洱海水质恢复到ＩＩＩ类水。到２００８年，使洱海水质恢复到ＩＩ类水。